R dbWriteTableコマンドと同等のpsycopg2であり、Pythonコードからより多くのパフォーマンスを得る

これを試してください：

    id2 = csv.reader(open(os.path.join(perf_dir,id_files[1])))
    h = tuple(next(id2))

    create = '''CREATE TABLE id2 (%s varchar, %s int PRIMARY KEY, %s int)''' % h
    insert = '''INSERT INTO id2 (%s, %s, %s) VALUES (%%s, %%s, %%s)''' % h

    ...

    cr.executemany(insert, id2)

すべての行に対して1回だけsqlコマンドを渡します。追加のSQLコマンドを発行することによるパフォーマンスのオーバーヘッドに加えて、SQL文字列自体のサイズ（バイト単位）が、テスト対象の実際のデータのサイズよりも小さい可能性があることに注意してください。

配列なしでid2をジェネレーターとして使用すると、データセット全体をメモリにロードすることも回避できます。