最終的に行ったのは、sqlalchemyのイベントメカニズムを使用して、クエリが実行される前にクエリをキャッチし、スキーマを変更するためのプレフィックスを追加することでした:
def before_cursor_execute(conn, cursor, statement, parameters, context, executemany):
schema_name = <Logic to resolve schema name>
statement = "SET search_path TO '%s'; %s" % (schema_name, statement)
return statement, parameters
......
(later in the code)
listen(Engine, 'before_cursor_execute', before_cursor_execute, retval=True)
このようにして、alembicの移行を数回実行し、schema_nameが毎回正しく解決され、すべてがスムーズに機能することを確認できます