おそらく答えにはかなり遅れますが、将来これを探している他の誰かのためにそれを投稿しようとします。 （私がそうであったように）
create_typeもあります postgresql.ENUMのkwarg 。これは、アレムビック移行スクリプトの列挙型列のスキーマを設定するために使用されます。
新しい列の定義は次のようになります。 （既存の既存の列挙型を使用します）
sa.Column('ActionType', postgresql.ENUM('Primary', 'Secondary', name='actiontype', create_type=False), nullable=True),
これで、新しい列を作成せずに、新しい列に既存の列挙型が使用されるようになります。
SQLAlchemy==1.1.1を使用しています およびalembic==0.8.8 要件ファイルにあります。