SQLAlchemy-カウントステータスはtrueです

booleancolumnのSQLAlchemyfunc.countからアイデアを得ました

.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID)) 

SQLAlchemyが最新バージョンの場合は、

.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))

古いものよりもきれいです。