一時テーブルを使用して更新データを保持してから、単一の更新ステートメントを実行できます。
CREATE TEMPORARY TABLE temp_update_table (meta_key, meta_value)
LOAD DATA INFILE 'your_csv_pathname'
INTO TABLE temp_update_table FIELDS TERMINATED BY ';' (meta_key, meta_value);
UPDATE "table"
INNER JOIN temp_update_table on temp_update_table.meta_key = "table".meta_key
SET "table".meta_value = temp_update_table.meta_value;
DROP TEMPORARY TABLE temp_update_table;