まず、次のような名前のテーブルがあることを確認します。
select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';
`user´は予約済みのキーワードであるため、テーブル名をバッククォートで引用する必要があります。
UPDATE
MyDatabase.`user`
SET
MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
MyDatabase.`user`.id = 3;
データベース名も引用符で囲む必要がある場合は、データベース名とテーブル名の両方を含めないでください。
これは間違っています:
`databasename.tablename`
これは正しいです:
`databasename`.`tablename`