現在、説明している方法で埋め込みドキュメントをフィルタリングする方法はありません。ドット表記を使用すると、埋め込まれたドキュメントで一致させることができますが、ドキュメント全体、親、およびすべてが引き続き返されます。返されるフィールドを選択することもできますが、それも実際には役に立ちません。
必要な機能を実装する「仮想コレクション」の場合があります。お気軽に投票してください：
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
それまでの間、コメントは独自のコレクションとして扱う必要があります。一般に、特定のデータセットを単独で操作する必要がある場合は、それをコレクションにします。他のセットの一部として考えた方がよい場合は、埋め込む方がよいでしょう。