インデックスが使用されているかどうかを確認するにはどうすればよいですか

これに対する最も簡単な解決策は、MongoDB3.2で追加されたmongodb組み込みの$indexStats集約ステージを使用することです。

Mongoコンソールの使用：

db.collection.aggregate([ { $indexStats: { } } ])

PyMongoの使用：

from pymongo import MongoClient
collection = MongoClient()[db_name][collection_name]
index_stats = collection.aggregate([{'$indexStats':{}}])

for index_info in index_stats:
    print index_info