文字列としてmongoドキュメントIDを持っている場合、それを_idとしてクエリするにはどうすればよいですか？

ObjectIdの24桁の16進数文字列があるということですか？

それがあなたの言いたいことだと仮定すると、ほとんどのドライバーは文字列を取得してそれをObjectIdに変換する方法を持っています。 JavaScriptの場合：

.find({_id:new ObjectId("4f91bfcfaa7c5687a0c686d4")})

更新 ノードネイティブドライバーにとってもう少し便利になるように（https://github.com/christkv/node-mongodb-nativeのドキュメントから）：

// Get the objectID type
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;

var idString = '4e4e1638c85e808431000003';
collection.findOne({_id: new ObjectID(idString)}, console.log)  // ok
collection.findOne({_id: idString}, console.log)  // wrong! callback gets undefined