CFMongoDBプロジェクトを介してJavaドライバーを使用しており、説明どおりに使用していますが、JavaではなくColdFusionアプリケーションで使用しています。ただし、同じ考えです。1つのオブジェクトが作成され、それを再利用すると、そのオブジェクトはMongoサーバーへの1つの接続を維持します。
1つのMongoJavaインスタンスを作成すると、接続の内部プール（デフォルトのサイズは10）が維持されます。これは非表示であり、心配する必要はありません。 Mongo Javaドキュメントはこれを推奨しています：
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Java+Driver+Concurrency
現在、本番環境で稼働しており、問題はありません。複数のWebリクエストスレッドは同じMongoインスタンスを使用し、Mongoは内部プールを使用してこれを処理するのに十分な速さです（非常に高速に書き込むことができるようにロギングを行っています！）。
close()を呼び出すことを覚えておく価値があります 終了したインスタンスでは、これにより、Mongoサーバーでの接続の使用が時間の経過とともに停止します：
http://api.mongodb.org/java/2.5-pre-/com/mongodb/Mongo.html#close()
したがって、要約すると、Tomcatの構成について心配する必要はありません。
お役に立てば幸いです。