MongoDBとC＃ドライバーを使用してサブドキュメントコレクションをクエリする方法

ElemMatchをお試しください ：

var thread = threadHelper.Collection.Find(
    Query.And(
        Query.ElemMatch("Recipients", Query.EQ("UserId", user.Id)), 
        Query.ElemMatch("Recipients", Query.EQ("UserId", sendToUser.Id))
    )
).SingleOrDefault();