これはおそらく、launchctlがmongodインスタンスを管理しているためです。 mongodインスタンスを開始およびシャットダウンする場合は、最初にそれをアンロードします：
launchctl unload -w ~/Library/LaunchAgents/org.mongodb.mongod.plist
次に、mongodを手動で起動します：
mongod -f path/to/mongod.conf --fork
mongod.confの場所は、~/Library/LaunchAgents/org.mongodb.mongod.plistから見つけることができます。 。
その後、db.shutdownServer() うまくいくでしょう。
2014年2月22日追加：
homebrewを介してmongodbをインストールしている場合、homebrewには実際に便利なbrew servicesがあります。 指図。現在実行中のサービスを表示するには：
brew services list
mongodbを開始するには：
brew services start mongodb-community
すでに実行されている場合にmongodbを停止するには：
brew services stop mongodb-community
更新 *
edufinnがコメントで指摘したように、brew services ユーザー定義コマンドとして使用できるようになり、次のコマンドでインストールできます：brew tap gapple/services 。