$pullと$[identifier]を使用してネストされた配列からオブジェクトを削除します（mongoDB 3.6）

positional allをお試しください $[]バリアント。

のようなもの

db.runCommand({
  update: "survey",
  updates: [
    {
      q: {},
      u: {
        $pull: {
          "results.$[].items.$[].comments": { "id":  "123456" }
        }
      }
    }
  ]
})