オブジェクトIDの配列を使用してマングーススキーマを作成するにはどうすればよいですか？

マングースのポピュレート機能を使用する場合は、次のことを行う必要があります。

var userSchema = mongoose.Schema({
  email: { type: String, required: true, unique: true},
  password: { type: String, required: true},
  name: {
      first: { type: String, required: true, trim: true},
      last: { type: String, required: true, trim: true}
  },
  phone: Number,
  lists: [listSchema],
  friends: [{ type : ObjectId, ref: 'User' }],
  accessToken: { type: String } // Used for Remember Me
});
exports.User = mongoose.model('User', userSchema);

このようにして、このクエリを実行できます：

var User = schemas.User;
User
 .find()
 .populate('friends')
 .exec(...)

各ユーザーには、一連のユーザー（このユーザーの友達）がいることがわかります。

そして、挿入する正しい方法は、Gaborが言ったようです：

user.friends.push(newFriend._id);