Java、MongoDB：膨大なコレクションを繰り返しながらすべてのオブジェクトを更新するにはどうすればよいですか？

あなたのアプローチは基本的に正しいです。しかし、私はそのようなコレクションを「巨大な」とは見なしません。シェルから同様の何かを実行できます：

coll.find({}).forEach(function (doc) {
    doc.flag = Math.floor((Math.random()*2)+1);
    coll.save(doc);
 });

MongoDBのバージョン、構成、および負荷によっては、これには数分から数時間かかる場合があります

この更新を一括で実行する場合は、クエリドキュメントでcoll.find({"aFiled" : {$gt : minVal}, "aFiled" : {$lt : maxVal}})