MongoDBの.updateOneがNode.jsで機能しない

たぶん、次のように更新クエリで「$ set」を使用する必要があります：

{$set: {"name": req.body.name}}, // Update

ドキュメントの詳細

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うまくいかない場合は、フィルターと一致しないことが原因である可能性があります。

たぶん、次のようなObjectIdと一致させてみてください：

var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;

// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter

お役に立てば幸いです。