はい、pymongoアグリゲーションでmaxTimeMSを使用できます。
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
カーソルが必要な場合:
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
集約コマンドはMongoDB2.6より前ではカーソルをサポートしていなかったため、既存のアプリケーションを壊さないようにオプションとして追加する必要がありました。