同じドキュメントの2つのフィールドを比較する

$exprを使用できます これにより、クエリ言語内で集計式を使用できるようになります。

db.collection.find({ "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } })

または集計あり

db.collection.aggregate([
  { "$match": { "$expr": { "$eq": [ "$_id" , "$md5" ] } } }
])