ジョブを実行するJavaScriptループを作成し、mongoconsoleで実行できます。
var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
print( "dropping db " + db.getName() );
db.dropDatabase();
}
それをdropall.jsに保存してから、実行します:
mongo dropall.js