もちろん可能ですが、MongoDBのようなドキュメントデータベースの柔軟性をSQLServerのようなRDBMSに強制する方法を見つける必要があります。
これは、欠落しているフィールド（db列のNULLになるのか、それともデフォルト値になるのか）や、通常はリレーショナルデータベースにうまく適合しないその他の処理方法を定義する必要があることを意味します。
そうは言っても、両方のデータベースに接続できるETLツールを使用できます。MicroSoftの世界にとどまりたい場合は、SSISがその一例です（このSSIS2012を使用したMongoDBデータのインポート アイデアを得るには）、または Talend Big Data Integration MongoDB（そしてもちろんSQL Server）へのコネクタがあります。