MongoDBのクエリは、サブドキュメント(または、あなたの場合のように、サブドキュメントのサブドキュメント)を返しません。それらは一致し、コレクション内のドキュメントを返します。ドキュメントの形状は投影によって少し変更できますが、制限があります。最新のタグを一般的に見つけたい場合は、ドキュメントがタグを表すようにすることをお勧めします。配列に配列を含めることは、MongoDBでも一般的に悪い考えです。
これが一般的でない操作であり、特に高速である必要がない場合は、集計を使用できます。
db.modules.aggregate([
{ "$unwind" : "$svn_branches" },
{ "$unwind" : "$svn_branches.tags" },
{ "$sort" : { "svn_branches.tags.updated_at" : -1 } },
{ "$group" : { "_id" : "$_id", "latest_tag" : { "$first" : "$svn_branches.tags" } } }
])