マングース、サブドキュメントからプル

MongooseArray#pullのようです メソッドは、要素に_idがある場合にのみ機能します プロパティ。

updateへの直接呼び出しを使用する方が簡単だと思います この種の驚きを避けるために：

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);