バンドルのバージョンを修正してみてください:
[DoctrineMongoDBBundle]
git=https://github.com/symfony/DoctrineMongoDBBundle.git
target=/bundles/Symfony/Bundle/DoctrineMongoDBBundle
version=v2.0.0
また、常にbin/vendors installを使用することを忘れないでください — bin/vendors updateではありません 。もちろん、Symfony自体を開発しているのでなければ。