MongoDBシェルはカーソルを遅延評価します。つまり、実行した一連の連鎖操作により、連鎖操作に基づく最終状態を使用して、1つのクエリがサーバーに送信されます。つまり、「sort({time: -1}).limit(2).sort({time: 1}) 「2回目の並べ替えの呼び出しは、最初の呼び出しで設定された並べ替えを上書きします。
目的の結果を得るには、特に小さな結果セット（ここでは2を使用）に制限している場合は、アプリケーションコードのカーソル出力を逆にする方がよいでしょう。そのための正確なコードは、使用している言語によって異なりますが、指定していません。