シンプルだが大きなデータベースの小さなコレクションに対するmongoDBクエリが途方もなく遅い

avgObjSize 280バイトの見積もりと一致していません。オブジェクトの平均は約5MBでstorageSize 1GB近くです。メモリに制約がある場合、1 GBのファイルすべてにアクセスする必要があるクエリを実行すると、多くのページフォールトが発生します。

コンパクト を試しましたか ？

db.runCommand({compact: 'Aggregates'})

または修復 ？

db.repairDatabase()

それでもうまくいかない場合は、ドキュメント全体をプルするのではなく、合計に必要なフィールドだけをプルバックしてみてください。これらのドキュメントは実際には5MBであり、データをネットワーク経由でプルするのに時間がかかる可能性があります。

def get_total():
    start = datetime.now()
    print sum([x['daily_total_pages'] for x in c.Aggregates.find({}, {"daily_total_pages": 1})])
    end = datetime.now()
    print (end-start).seconds