はい、接続文字列でデータベース名を指定できます。
db = mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname1')
その接続でレコードを作成するとすぐに、「dbname1」というデータベース名で新しいデータベースとコレクションが作成されます。新しいデータベースを作成する場合は、別の接続文字列を指定できます。
db = mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname2')
これにより、「dbname2」という名前ですべてのレコードが作成されます。ドキュメントはdbname2にインポートされません。必要に応じて、これらのレコードをインポートする必要があります。お役に立てば幸いです。