コレクションを手動でロックすることはありません MongoDBトランザクション でサポートされています 。
あなたが説明したのは、悲観的なロック です。 行動。トランザクションがコミットまたはロールバックされるまで、選択されたドキュメントがロックされる場合。これにより、デッドロック が発生する可能性があります。 。
MongoDB Transactionsは、オプティミスティックロック を利用します。 。これは、ドキュメントの読み取り時に内部バージョン番号が記録される戦略です。ドキュメントが書き戻されたら、バージョンが変更されていないことを確認します（トランザクション以外の他のプロセスによって）。
ドキュメントのバージョンがトランザクションの開始時に記録されたものと異なる場合、トランザクションは中止され、（要件に応じて）再試行できます。
MongoDBトランザクションマニュアル も参照してください。 詳細については。
追加情報：マルチドキュメントトランザクションはMongoDBv4+で利用できます。 MongoDB v4.0.0-rc0（リリース候補）は2018年5月23日にリリースされました。