同じデータベースを使用していますか?基本的な例に単純化してみてください。例:
$m = new Mongo();
$db = $m->foo;
$db->system->js->save(array("_id"=>"archiveMessages",
"value"=>new MongoCode("function() { return 3; }")));
print_r($db->execute("archiveMessages()"));
結果:
Array
(
[retval] => 3
[ok] => 1
)