Javaドライバーを使用してこれを行うには、次のようにします。
DBObject queryForElem = new BasicDBObject("array", new BasicDBObject("$elemMatch", new BasicDBObject("id", "3456")));
DBObject updateMatchingElem = new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("array.$.Y", "1"));
coll.update(queryForElem, updateMatchingElem);
それが少し扱いにくいことを考えると、代わりにQueryBuilderを使用できます。これにより、もう少し読みやすくなります。
DBObject queryForElem = QueryBuilder.start("array").elemMatch(new BasicDBObject("id", "3456")).get();
DBObject updateMatchingElem = new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("array.$.Y", "1"));
coll.update(queryForElem, updateMatchingElem);