MongooseはJSON配列からサブドキュメントを作成しません

マングースFAQの最初の質問を見てください： http://mongoosejs.com/docs/faq.html

// query the document you want to update
// set the individual indexes you want to update
// save the document
doc.array.set(3, 'changed');
doc.save();

編集

これはすべての行を更新するのに役立つと思います。それが機能するかどうか知りたいです。

let rowQueries = [];
theData.rows.forEach(row => {
    let query = Model.findOneAndUpdate({
        issueId: theData.issueId,
        'row._id': row._id
    }, {
        $set: {
            'row.$': row
        }
    });
    rowQueries.push(query.exec());
});

Promise.all(rowQueries).then(updatedDocs => {
    // updated
});