SpringDataMongoDBはPOJOを排除します

spring-dataを使用する場合、pojoなしでは実行できないと思います。最低限できることはこれです

public interface NoPojoRepository extends MongoRepository<DummyPojo, String> {
}

idとMapだけでダミーのpojoを作成します。

@Data
public class DummyPojo {
  @Id
  private String id;
  private Map<String, Object> value;
}

この値フィールドはマップであるため、ほとんど何でも保存できます。