既存のフィールドを削除またはオーバーライドせずに流星コレクションを更新します

これを行うだけです：

$set: {"profile.name": "Test2", "profile.new_fields": "value"}

つまりハッシュ全体を置き換えていました。代わりに、ハッシュ内のフィールドを更新できます。