node-mongodb-nativeでプロファイリングを有効にするにはどうすればよいですか？

メソッドの意味はわかりますが、db.commandの試行の問題は、コマンド自体ではなく、コマンドとしてシェルヘルパーを実行しようとしていることだと思います。実際のコマンドは次の形式です：

// get current levels
db.runCommand({ profile : -1 })
// set the level to log slow ops
db.runCommand({ profile : 1 })
// set to log slow ops and change the threshold to 200ms
db.runCommand({ profile : 1, slowms : 200 })
//revert to defaults
db.runCommand({ profile : 0, slowms : 100 })

したがって、関連する値をdb.commandに渡そうとすると、機能するはずです。