SpringBootMVCアプリでJPAとMongoを切り替えます

正解です。プロファイルを使用します。

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

application.propertiesで、 spring.profiles.activeを設定できるようになりました データベースを切り替えるには、jpaまたはmongoに切り替えます。