インターフェイスでアノテーション付きの@QueryメソッドをオーバーライドせずにMongoRepositoryをカスタマイズするにはどうすればよいですか？

リポジトリインターフェイスを2つに分割する必要があります。

最初のもの-手動で実装するメソッドを含む「カスタム」は次のようになります：

public interface TopRepositoryCustom {
    long getPublishedTopoCount();
}

生成されたメソッドの2番目：

public interface TopRepository extends MongoRepository<Topo, String>, TopRepositoryCustom {
    @Query("{'name':?0}")
    Topo findByName(String name);  
}

次に、最初のリポジトリを実装し、適切な命名規則に従うことを忘れないでください。詳細については、spring-datamongodbカスタム実装PropertyReferenceException および Spring Data MongoDBカスタム実装リファレンス