MongoDbのアップサート辞書

更新/挿入するすべてのプロパティを調べて、プロパティごとに実行できます：

UpdateDefinition<Site> upsert = null;
if (properties.Any())
{
    var firstprop = properties.First();
    upsert = Builders<Site>.Update.Set(nameof(Site.Properties) + "." + firstprop.Key, 
                               firstprop.Value);

    foreach (var updateVal in properties.Skip(1))
    {
        upsert = upsert.Set(nameof(Site.Properties) + "." + updateVal.Key, 
                                          updateVal.Value);
    }

    collection.UpdateOne(r => r.Id == "YourId", upsert, 
                                               new UpdateOptions { IsUpsert = true });
}

複数の更新を含む以前のバージョンの回答：

foreach (var updateVal in properties)
{
    collection.UpdateOne(r => r.Id == "YourId", 
        Builders<Site>.Update.Set( nameof(Site.Properties)+ "." + updateVal.Key, 
                                   updateVal.Value), 
                                   new UpdateOptions { IsUpsert = true});
}

新しいキー/値を追加するか、既存のキー/値を更新するだけで、何も削除されないことに注意してください。