問題を解決しました。$unwindの前後に$matchを適用する必要がありました:
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.match(Criteria.where("descA").is(alertName)),
//regex(".*"+date+".*")
Aggregation.unwind("alertsources"),
Aggregation.unwind("descA"),
Aggregation.match(Criteria.where("alertsources.date_creation").regex(".*"+date+".*")),
Aggregation.group().count().as("count")
すべてのクレジットは@