最初に確認するのは、「例外はありましたか」です。 ？
coll.update()で 、safeを設定していません 変数。 updateに例外がある場合 、スローされません。
コードでは、例外をキャッチせず（推奨されます）、更新によって例外がチェックされないため、何が起こっているのかを知る方法がありません。
次に確認するのは、「どのように数えていますか」です。 ？
update コマンドはデータを「空白にする」ことはできますが、データを削除（または_idを変更）することはできません。 。
元のデータのコピーはありますか？それらの10または100の少数でコードを実行して、何が起こっているかを確認できますか？
あなたが説明することは、どのMongoDBドライバーでも正常ではありません 。この問題を解決するには、間違いなくより多くのデータが必要です。