pymongoエラー：bson.errors.InvalidBSON：'utf8'コーデックは位置25のバイト0xa1をデコードできません：無効な開始バイト

unicode_decode_error_handler引数をMongoClientに渡し、少なくともpymongo3.5.1を使用する必要があります。

import pymongo
import json
from pymongo import MongoClient

if __name__ == '__main__':

    client = MongoClient(
        host="whatever_your_host_is",
        maxPoolSize=50,
        unicode_decode_error_handler='ignore'
    )


    my_db=client['my_db']
    collection=my_db['my_collection']

    cursor = collection.find({"whatever": "some_stuff"})

    for document in cursor:
          print(document)

Python 2.7ではデフォルトで「ignore」が設定されているように見えますが、Python3.6.1では自分で行う必要があります。これにより、Unicodeエラーが無視され、カーソルの反復が続行されます。pymongoは、JSONデータを再構築するために最善を尽くします。