mongoコレクションのデータの断片化

それはあなたが行っている更新の種類に依存します。これらの更新によってドキュメントが大きくなる場合（配列プッシュなど）、はい、断片化が発生します。インプレース更新（$ inc）によってドキュメントが移動されることはありません（断片化はありません）。

ちなみに、それ自体は断片化ではなく、無駄なスペースです。つまり、ドキュメントが新しい場所に移動された場合、その古い場所は再利用されません。