埋め込まれた配列に基づいてドキュメントをフィルタリングする方法は？

$ elemMatch（projection） を使用する必要があります 。以下のようなものが機能するはずです。

import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;

Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());