ブール値をmongoDBで切り替えます

MongoDB 4.2を使用している場合は、更新ステートメントで次のような集計演算子を使用できます。

.findOneAndUpdate({_id: day.id},[{$set:{present:{$eq:[false,"$present"]}}}]);

presentが設定されます falseの場合はtrueに、その他の値の場合はfalseになります。