MongoDBコレクションを毎晩自動的に更新するにはどうすればよいですか？

cron jobを使用できます

const moment = require('moment');
const CronJob = require('cron').CronJob;

const updateCollections = async ()=>{
  await someQueriesServices()
}

new CronJob('0 0 * * *', async () => {
  await updateCollections()
}, null, true, 'America/Los_Angeles');

または、setIntervalを使用できます

const timeInSec = moment().endOf('day').valueOf()
const Interval = Date.now() - timeInSec;

setInterval(async ()=>{
    await updateCollections()
},Interval)