smallfilesを有効にした後、mongodbサーバーを再起動したら 、新しいデータベースにのみ適用されます。既存のデータベースは、この構成の影響を受けません。
新しいデータベースを作成して、この構成をテストします。
また、この構成を有効にするとパフォーマンスに影響することがドキュメントに記載されています。
The smallfiles setting can lead mongod to create many files, which may affect performance for larger databases.
したがって、慎重に使用してください