Mongoose 5.0.0がそのままArrayfiltersをサポートすることになっているのかどうかはわかりませんが、MongoDBで直接実行されるMongooseのコマンドメソッドを使用して実現できるため、MongoDB3.6.1のArrayFiltersを含む利用可能なすべての機能を利用できます。
例:
mongoose.connection.db.command({
update: <YourModel>.collection.name,
updates: [
{
q: { 'field1.field2._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
u: {
$set: { 'field1.$.field2.$[field].fieldToUpdate': "updated!" },
},
arrayFilters: [
{ 'field._id': mongoose.Types.ObjectId(<someObjectid>) },
],
},
],
})