マングースによると、 docs :
以前のSO回答 による
Model.findByIdAndUpdate()
「一致するドキュメントを検索し、更新引数に従って更新し、オプションを渡し、見つかったドキュメント(存在する場合)をコールバックに返します。」
オプションで、upsertをtrueに設定します:
upsert:bool-オブジェクトが存在しない場合はオブジェクトを作成します。デフォルトはfalseです。
Model.findByIdAndUpdate(id, { $set: { name: 'SOME_VALUE' }}, { upsert: true }, callback)