$unwindを使用してドキュメントを集約しておくにはどうすればよいですか

$unwindは必要ありません まったく。単純な$match パイプラインで十分です：

pipeline = [
    {
        "$match" : {
            "$or" : [
                {
                    "goes.fridays.fr" : 700
                },
                {
                    "goes.special" : {
                        "$elemMatch" : {
                            "date" : "2010-01-01",
                            "fr" : 1000
                        }
                    }
                }
            ]
        }
    }
]

db.students.aggregate(pipeline)

集約フレームワークがなくても簡単に実行できます。

query = {
    "$or" : [
        {
            "goes.fridays.fr" : 700
        },
        {
            "goes.special" : {
                "$elemMatch" : {
                    "date" : "2010-01-01",
                    "fr" : 1000
                }
            }
        }
    ]
}

db.students.find(query)