主キーがない場合でも、各レコードには一意のROWIDが関連付けられています。
以下のクエリを使用すると、重複の原因となる列とテーブルを自己結合することにより、最大行IDを持たないレコードのみを削除します。これにより、重複を確実に削除できます。
DELETE FROM PPLP_LOAD_GENSTAT plg_outer
WHERE ROWID NOT IN(
select MAX(ROWID)
from PPLP_LOAD_GENSTAT plg_inner
WHERE plg_outer.pplp_name = plg_inner.pplg_name
AND plg_outer.start_time= plg_inner.start_time
AND plg_outer.end_time = plg_inner.end_time
);