Javaから渡された特定のソート順でソートするようにOracleに指示するにはどうすればよいですか？

Javaでクエリを変更できる場合は、次のようにすることができます。

SELECT t.id
FROM t_test t
ORDER BY DECODE(t.id, 3, 'A', 'B') ASC,
         DECODE(t.id, 4, 'A', 'B') ASC,
         DECODE(t.id, 5, 'A', 'B') ASC,
         DECODE(t.id, 6, 'A', 'B') ASC,
         DECODE(t.id, 1, 'A', 'B') ASC,
         DECODE(t.id, 2, 'A', 'B') ASC;

リスト内の各要素について、orderby句にデコードを配置する必要があります。各デコードの2番目のパラメーターは、リストの1つの要素です。