HAVING句を使用したマテリアライズドビューの高速リフレッシュ？

はい、ドキュメントは正確ではないようです。

回避策として、ネストされたマテリアライズドビューの実装を試すことができます。

CREATE MATERIALIZED VIEW mv1 
REFRESH FAST ON COMMIT 
AS
SELECT col1,
       COUNT(col1) count_col1
FROM test_table
GROUP BY col1

ALTER MATERIALIZED VIEW mv1 ADD CONSTRAINT pk_mv1 PRIMARY KEY (col1)

CREATE MATERIALIZED VIEW LOG ON mv1 WITH PRIMARY KEY;

CREATE MATERIALIZED VIEW MV2 
REFRESH FAST ON COMMIT AS
SELECT col1,
       count_col1
FROM   mv1
WHERE  count_col1 > 1